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1937年（昭和12年）、小児科医・養老静江(1899〜1995)の次男として鎌倉市で生まれる。 4歳の時に父親を結核で亡くし、その後は鎌倉で小児科「大塚医院」を営む母、静江の 腕一つで育てられる。 栄光学園中学校・高等学校、東京大学医学部を卒業後、東京大学医学部附属病院での 1年間のインターン（研修医）を務める。 しかし、そこで自分が医者に向いていないことを悟った。手術の際、患者の血液型を 間違える医療事故を起こしかけ、このままでは注射の薬剤まで間違えるのではないか、 自分のミスは自分でなく患者に死をもたらすことに気付き、「これは大変だ」と思い、 完全に自信を失った。このような医療事故を3回経験したことから、患者と接する医者 の道をあきらめた。 その後、精神科医を目指そうとしたが抽選に外れ、結果的に解剖学の道を志した。 「医学においては死んだ人間を扱う解剖学が最も確実なものだ」と考えたのが理由 だとしている。 1967年（昭和42年）に東京大学大学院基礎医学で解剖学を専攻し、博士課程を修了。 同年、医学博士号を取得する[7]。博士論文の題は「ウロコ形成におけるニワトリ胎児 表皮の増殖と分化」。 職歴 東京大学助手・助教授を経て、1981年（昭和56年）に解剖学第二講座教授となる。 この間、1971年（昭和46年）から1972年（昭和47年）にかけてオーストラリアの メルボルン大学に留学した。 1989年から1993年（平成5年）は東京大学総合研究資料館館長を、1991年（平成3年） から1995年（平成7年）は東京大学出版会理事長を歴任した。 なお、門下に美術解剖学の布施英利（東京芸術大学准教授）がいる。 1995年（平成7年）、東京大学を57歳で退官。 現在 現在は代々木ゼミナール顧問、日本ニュース時事能力検定協会名誉会長、ソニー教育 財団理事、21世紀高野山医療フォーラム理事を務めている。 また、2006年の開館時から2017年3月まで京都国際マンガミュージアム館長を務め、 2017年4月からは名誉館長に就任。その他には2017年時点で、小林秀雄賞、毎日出版 文化賞、山本七平賞選考委員を務めている。 2018年時点で、NPO法人「日本に健全な森をつくり直す委員会」委員長。 2020年9月から、ミチコーポレーション・ぞうさん出版事業部の顧問に就任。

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